ניקוד קפה מתבצע על ידי מנקד קפה מוסמך Q Grader אשר פועל לפי פרוטוקול קבוע בכדי לתת נקודות לקפה הנבדק על פי קטגוריות שנקבעו והורדת נקודות על פגמים. חשיבות הניקוד היא בכדי לייצר סטנדרט ובכדי לתחזק את שרשרת האספקה המורכבת של קפה הספישאלטי אשר נועדה לשמור על איכות הקפה מהמגדל ועד המשקה.
הניקוד מתבצע על ידי ביצוע של קאפינג ל 5 דוגמיות מכל קפה. ניתן לנקד כל דוגמית עד 100 נקודות ולעשות ממוצע או לדרג על סקאלה של 20 ולחבר, שתי השיטות נהוגות.
לפני ההשריה של הקפה מתרשמים מצבע הקפה הטחון ומהארומה, עדיין לא מנקדים אך ניתן לכתוב רשמים על דף הניקוד אשר ישפיעו על הניקוד לאחר מכן. לאחר כ 4 דקות מריחים את מעטה הקפה הצף למעלה ורושמים רשמים בדף הניקוד, לאחר מכן בוצעים את הקרום, מריחים שוב ואז מנקים בעזרת שתי כפיות את הקרום אל מחוץ לכוס. מערבבים 3 פעמים ומריחים שוב. יש הנוהגים לטעום בעזרת כף מיוחדת תוך שאיפה וערבול באוויר מיד בשלב זה ויש המחכים עד לציון כעשר דקות לאחר המזיגה או בהגעה לאזור של 60 מעלות. עושים סיבוב כוונון טעם והתרשמות של כל חמש הדוגמיות ומתעדים רשמים מילוליים. במעבר השני על הדוגמיות המשקה כבר באזור של כ 50 מעלות ובמהלכו רושמים את רשמי הטעם של הקפה. במעבר השלישי המשקה כבר באזור 40 מעלות בוחנים כיצד רשמי הטעם והמאפיינים של הקפה התפתחו והאם הם השתפרו או נעשו פחות טובים לאחר ההתקררות. לאחר המעבר הרביעי והאחרון מנקדים את הקפה בהתאם לרשמים שנכתבו ובהתאם לנושאים: ריח וארומה, טעם, אפטר טייסט, חמיצות, גוף, אחידות בין הדגימות, איזון, נקיון, מתיקות, כללי. כל אחד מהנושאים מקבל 10 נקודות כאשר חלקם מנוקדים בקפיצות של נקודה בודדת וחלקם בקפיצות של שתי נקודות. לאחר מתן הנקודות, ניתן להפחית נקודות על בסיס פגמים בטעם שאינם נכנסים לאף אחד מהנושאים (למשל טעם של עובש, חריכה, פיתוח חסר) כל פגם מנוקד כ 2 נקודות או 4 על פי דרגת החומרה וההשפעה על הכוס ומוכפל בכמות הדוגמיות שהורגש בהן הפגם. ניקוד הפגמים מופחת מהניקוד הכללי.
קפה בניקוד מתחת ל 80 אינו ספישאלטי ולהיסחר כקפה קומודיטי על בסיס מחירי קומודיטי. קפה בעל ניקוד של 80 עד 85 נקרא טוב מאוד, 85-90 מצוין, 90-100 יוצא מן הכלל.
