נקיון (Cleanliness) הוא ערך אשר מקבל משקל גבוה בדרוג ובניקוד קפה על פי השיטה הנהוגה כיום (פרוטוקול הניקוד של SCAA). הכוונה במונח נקיון היא ההתייחסות לאחידות הטעם לאורך הטעימה ולסוג הטעמים המובעים בה. כאשר יש טעמים המשתנים מתחילת הלגימה לאפטר טייסט יש פגיעה בניקוד הנקיון. כאשר יש טעמים אשר מוגדרים כטעמים “שאינם קפה”, הדגימה נפסלת. כאשר יש טעמים מותססים היכולים להיות מוגדרים כ"ייניים" (מזכירים יין) או כ"פאנקי" גם כאן תהיה פגיעה בניקוד בעקבות נטייתם לייצר אופי טעמים שונה לאורך זמן הטעימה.
יש דיון ער בשאלה האם טבלת הניקוד מייצגת את עולם הקפה כפי שהוא היום. מכיוון שיש השפעה של תרבות ושל חשיפה לחוש הטעם והריח (ולכן הביטוי טעם נרכש), נטען כי טבלת הטעמים וגם טבלת הדרוג לא מייצגות קשת רחבה של תרבויות, גאוגרפיות וטעמים אשר משתתפים בתרבות הקפה אלא אלומה מאוד צרה של טעם אמריקאי מוטה. התפתחויות סביב טכנולוגיות עיבוד הקפה ונטיה הולכת וגוברת של מגדלים ושל צרכני קפה לטעמים של עיבודים מותססים מעלות שאלות לגבי הרלוונטיות של דרוג אשר פוגע בניקוד הקפה דווקא כאשר מייצרים בקפה טעמים מורכבים יותר על ידי התססה.