מחלת חלודת עלי הקפה היא מחלה בעלת השפעה אדירה על תחום הקפה. בדרום אמריקה מתייחסים למחלה פעמים רבות בשם חלודה או "רויה" (Roya). פטריה בשם Hemileia vastatrix אשר לא יכולה להתקיים ולהתרבות ללא מגע עם צמח הקפה מתמקמת בעזרת נבגים בתחתית של עלים ומייצרת נקודות קטנטנות בצבע צהוב כתום. מוכרים מקרים מעטים של הדבקה גם בענפים ובפירות אך ברוב המוחלט של המקרים מתרחש בעלי הקפה.
הפטריה צריכה טמפרטורות שבין 16 ועד 28 מעלות צלזיוס בכדי להתפתח כך שבאזורי גידול גבוהים היא פחות שכיחה בגלל משרע הטמפרטורות הקיים בהם.
הדיווח הראשון המוכר על מחלת חלודת עלה הקפה הגיעה מקניה מאזור אגם ויקטוריה בשנת 1860 ונטען שהתפשטה מאזור זה לאמריקות ולאסיה. בשנת 1890 מגפת חלודת עלה הקפה הראשונה תועדה בסרי לנקה וכמעט הכחידה את הענף שם.
ישנן דרכים כימיות לפגיעה בפטריה ובמעבר השלבים שלה הנדרשים להתרחבות והתפשטות המחלה לשיחים וחלקות אחרות אך בעידן של הפחתה עד כדי הפסקה של שימוש בריסוס כימי, נוצרו פתרונות שונים מהתססות של פירות שונים כדוגמא.
צעד משמעותי המשפיע על תחום הקפה בהיקף אדיר אשר נועד להתמודד עם חלודת עלה הקפה הוא ההכלאה עם זנים יותר עמידים למחלה. פעמים רבות מדובר בהכלאות עם עצים ממשפחת הקנפורה (רובוסטה). הכלאות אלו משפיעות על שכיחות זנים מקומיים כמו גם על איכויות בכוס. בשנים האחרונות נטען שהפטריה מצליחה לעקוף לפחות חלק מההגנות שסופקו לה על ידי ההכלאות וישנן סברות שהיא נעזרת בצמחים אחרים בכדי לבצע שלבים מסוימים בהתפתחות שלה אשר לא מתאפשרים על שיח הקפה מההכלאה.
