תולעים נימיות / Nematodes ישנם מספר מינים של Meloidogyne שהם פרזיטים לשיח הקפה. התולעים נמשכות לנוזלים המופרשים משורשי שיח הקפה חודרים אל השורשים וניזונים מהם כך שנוצרים "גידולים" וחבורות בגזע העץ המפריעות להנעת חומרים לאורך השורש. התולעים ניזונות מהעץ ומטילות בשורש או בקרבתו ביצים אשר בתורן יבקעו ויכנסו אל השורשים וייצרו גידולים דומים אשר יפגעו בעץ. זנים מסוימים ייצרו סדקים ופצעים בגזעים ולא חבורות אך כל סוגי התולעים הנימיות יגרמו לדילול משמעותי של הסתעפות השורשים עד לכדי שינויי צבע העלים, נשירת עלים וחנק של שיח הקפה.
במלחמה בתולעים יכול להיעשות שימוש בחומר הדברה אשר מזיק גם צמח עצמו. ישנה תועלת בניהול המים ובריווח בין שיחים להפחתת הדבקה. התולעים הנימיות מסוגלות לשרוד תקופה של כמה ימים עד כחצי שנה ללא שיח הקפה כך שבמקרים קיצוניים, עוקרים מטעים ונמנעים משתילה מחודשת במשך חצי שנה. דרכים נוספות אשר נמצאו יעילות הן הרכבה של ענפים ואפילו גזע זל זני קפה אותם רוצים לגדל על מערכת שורשים של זן עמיד בפני התולעים הנימיות.
