לחות היא גורם אשר מלווה את הקפה משלב הגידול ועד שלב החליטה עם השפעות שונות. לאחר עיבוד הקפה ישנו שלב של יבוש בכדי לאפשר את שינוע הקפה בצורה "יציבה" ולהפחית סיכונים של מזיקים כגון עובש. ישנו מדד של פעילות מים אשר משתמשים בו אבל נהוג להשתמש גם באחוזי לחות ומדובר בטווח של 9 עד 12 אחוזים ברוב המקרים. ניהול הלחות משפיע על אריזות ואחסון הקפה הירוק עם שקי ואקום וגריין פרו אשר נועדו לתת מענה מסוים להפרדה מהסביבה ולשמירת לחות "קבועה". בתהליך הקליה ריכוז הלחות בפול יורד לכדי כ- 1.5%. לאחר הקליה, הלחות מהווה גורם קריטי לשימור איכות הקפה ומניעת לחות נכללת בדרישות המינימליות באחסון קפה. בהכנת הקפה, הלחות הסביבתית משפיע על כמות החשמל הסטטי בקפה וכמות הלכלוך שיכול להיווצר כתוצאה מטחינת הפולים.
